Depende...

Se o conflito desses pacotes for uma coisa boba, ou que não faz diferença ao seu projeto isso não deve te gerar problemas. Por exemplo, se os pacotes utilizados tem conflito com uma dependência de axios entre eles, mas em nenhum momento seu projeto vai fazer uso desses recursos, então é possível que isso não afete sua aplicação.

Mas tem um modo de você se precaver disso, com testes automatizados. Se sua aplicação tiver uma boa cobertura de testes nas partes mais importantes e nas partes mais sensíveis do projeto. Você estará mais seguro em saber se isso te retornará problemas em produção ou não.