No front com EJS é diferente!
Não importa o como esta o package no back!

No seu index vc fazia assim:

<script type="text/javascript" src="main.js"></script>

agora vc tem que fazer assim

<script type="module" src="main.js"></script>

no main.js vai estar todos seus imports :)

// inside module.js
export { function1, function2 };

// inside main.js
import {
  function1 as newFunctionName,
  function2 as anotherNewFunctionName,
} from "./modules/module.js";