em node com express que não é opinado você pode usar a organização de pastas que quiser!
Frameworks opinados são menos usados no node!
Você pode usar a mesma organização que usava com java!
Ou criar uma propria!
Pessoalmente uso uma que chamo de mini-mvc
Que é um mvc por áreas!
Também gosto de fatia vertical
https://dev.to/devdoido/conheca-o-clean-vertical-sliced-architecture-a-uniao-dos-2-mundos-4gnd