em node com express que não é opinado você pode usar a organização de pastas que quiser! 

Frameworks opinados são menos usados no node! 

Você pode usar a mesma organização que usava com java! 
Ou criar uma propria! 

Pessoalmente uso uma que chamo de mini-mvc 
Que é um mvc por áreas! 

Também gosto de fatia vertical 
https://dev.to/devdoido/conheca-o-clean-vertical-sliced-architecture-a-uniao-dos-2-mundos-4gnd

em node com express que não é opinado você pode usar a organização de pastas que quiser! Frameworks opinados são menos usados no node! Você pode usar a mesma organização que usava com jav...