Olá
Existem algumas maneiras de se fazer isso:
- MPA - um site multipage(tudo gerado via servidor)
- SPA - um site com front separado do back(servidor)
Essas são as 2 maneiras mais comuns. Embora existam mais!
Como iniciante te recomendo começar com MPA.
Pois as páginas serão criadas no back e terão links para arquivos CSS, js e HTML
De forma bem simples! O que ajuda no inicio. Depois da pra ir para alguma coisa de front separado!
A organização de pastas e documentos vai depender muito.
E é algo secundário pra um iniciante!
Qual sua stack?
Já trabalha com alguma linguagem de back?
É totalmente iniciante em tudo?