Se gosta de guardar em aquivos dentro do server use SQLite ele faz exatamente isso!
Colocar criptografia vai ser bem pesado para seu servidor!

A relação de segurança com banco de dados não esta correta.
Se alguém com conhecimento entra no seu server e lá tem mysql/mariaDB

Ambos quardam os dados em arquivos... que se baixados vão ser abertos facilmente!
Eu já tive um problema uma vez com um banco de dados e tive que mexer na mão nos arquivos dele, foi horrivel kkk

Alias se o invasor pegou a senha de acesso ao banco de dados já era!

Usar um banco de dados é mais para velocidade e garantia de dados!
Eles tem ferramentas que otimizam a busca e que dão segurança na escrita.

Não tem tanto a ver com segurança dos dados de invasores!
Embora possa ajudar um pouco!