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Acho que o ideal seria ver quais as informações em comum você tem entre eles e gerar uma tabela que atenda isso, diferenciando eles pelo id_loja. Pois assim, com uma tabela só, muitas das tuas queries ficarão mais fáceis de serem implementadas.
Quanto a comparação entre produtos, existe o código EAN-13 (popular código de barras), que será igual entre um mesmo produto, independente da loja que vende ele, provavelmente esse código é o mais confiável para garantir que você está comparando dois produtos iguais. Normalmente esse código fica na parte de especificação do produto.

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Opa tudo certo, problema e que dos site que estou pegando não esta informando o codigo de barras isso que complica mais ainda, uma comparação que iria fazer para produtos de diferentes loja era pelo nome porem se for pelo nome e uma das lojas alterar ferrou kk nao vou conseguir mais comparar, sao produtos de site de supermercado, são sites basicos onde o produto nao tem muita descrição a na ser o item, imagem e preço.

Acredito que vou ter que fazer alto pelo link talvez, meio que separa classificar por categoria e grupo.

To em duvida agora somente na hora da comparação.

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Você salva o ID no seu banco de dados. Geralmente o ID fica na URL e não muda. Veja a URL dessa postagem por exemplo. Aposto que você colocou o [Dúvidas] só depois, certo ?