Presencial vai fazer você aprender mais e quem sabe construir algumas relações - que é o mais importante em qualquer profissão.

Mas EAD não é o fim do mundo. A maioria das faculdades à distância é muito ruim, mas com sorte você acha alguma interessante.

O principal ponto do ead é a autodisciplina. Você deve ter em mente que a faculdade não tá nem aí pra você.

Sobre o seu receio em ser rejeitado no mercado, já estou na área há um bom tempo e ninguém nunca perguntou onde cursei.