Sou usuário Linux antes mesmo de começar a estudar programação, então não vejo nenhum problema. Iniciar com distros como Ubuntu ou Linux Mint vai fazer sua experiência ser bastante tranquila.

Minha experiência como programador Java, no linux, por exemplo, é muito mais confortável, mas tudo também é questão de costume. Acredito que no Windows eu não teria muita dificuldade. Sistemas linux se tornam melhores opções sobretudo quando você tem um hardware mais antigo ou mais limitado, já que existe a possibilidade de utilizar alguma distribuição que exija pouco da sua máquina para um perfeito funcionamento.

Enfim, eis aí a minha experiência. Espero ter ajudado.