Na maioria das distros, a interface é apenas uma coleção de pacotes, um comando instala o básico, no Fedora, para se ter o KDE, por exemplo, seria algo como 'sudo dnf install @kdedesktop', pronto.
Customizações, claro, são outra história, porque depende só de onde se quer chegar, pode instalar algo pronto (tema completo, apenas cores, apenas aparência de janelas e suas decorações, só ícones, a lista é enorme de coisas já prontas), ou pode customizar na mão, ou uma mescla disso.
Pode dar muito trabalho e levar muito tempo se forem muitas mudanças e tiver de fazer uma de cada vez (da última vez que reinstalei aqui, não tive muito trabalho, quase tudo que queria customizar estava salvo em algum lugar)
A questão é que se quer saber qual a melhor, invista um tempo experimentando, porque o melhor do mundo de uma pessoa pode nem te servir, quanto mais ser o melhor para vc também.