Provavelmente com WordPress ou Drupal desatualizados. Esse vídeo abaixo fala sobre a maneira como invadem sites...
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Vídeo muitoo útil! parabéns!
Um adendo: provavelmente eles devem estar usando VMS das Clouds famosas, as que tem as CVES mais exploradas... e provavelmente ele deve estar usando um script automático para invadir tantos sites assim... em fim... Com python, tudo fica fácil hoje em dia