Opa, então o Github vai identificar através do extensão final do arquivo, pode observar que:
→ No seu repósitorio "RekooDraw" ele identifica que você usou 100% Python
→ No repósitorio "ProjetoCovid" você só tem arquivos .js, .css e .html. Então ele só identifica esses três.

Sobre querer identificar um script em python, pode colocar qualquer nome porém ele tem que ter .py no final.

main.py é utilizado para padronizar seus arquivos, como uma pasta assets, mas não é obrigatório.