Cara, tenho algumas dicas pra te passar...
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Sendo freelancer o melhor a se fazer é ter uma renda recorrente, mesmo nos meses que não tiver trabalho (isso pode acontecer).Então busque não cobrar pelo projeto, mas sim uma mensalidade pelo uso dele. Uma mensalidade menor não vai assustar o cliente com o preço e vai garantir que sempre esteja pingando um dinheiro na sua conta.
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Hospedagem... Recomendo você criar o seu próprio servidor de hospedagem. Dessa forma você terá total controle dos seus sistemas, não vai deixar o código fonte com o cliente, pode instalar o que quiser etc. Você pode contratar uma VPS Ubuntu da Contabo que custa 5 dólares/mês e instalar o AaPanel para gerenciá-la. Lá você pode colocar quantos sistemas quiser, pode montar um servidor de e-mails etc. Essa é a minha recomendação, pois é o que eu faço.
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Aprenda Linux (terminal), isso vai te ajudar muito na dica 2. Linux não é um bicho de sete cabeças.
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Não use FTP, isso já era, é muito lento. Use o GIT nos seus projetos e daí você poderá acessar sua VPS por ssh, clonar o projeto lá e instalar o npm. Não coloque o node_modules no projeto.
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Domínio... É propriedade do cliente, o ideal é que ele adquira, pague a renovação etc. Como você quem vai realizar os apontamentos e configurações de DNS, ele pode adicioná-lo como contato técnico, ou te passar a senha dele. A primeira opção é melhor pra não precisar lembrar senha de clientes. Se ele for mais leigo, você pode auxiliá-lo a fazer isso, mas não é nada difícil.
Boa sorte