Quando comecei a aprender, ainda se usava o MySQLi, só tinha aula usando ele, mas já fui safo e aprendi diredo no PDO. Hoje, após muitos anos utilizando-o, trabalho essencialmente com Laravel e não há nada melhor do usar o Eloquent ORM e não precisar se preocupar com conexão, uso da forma mais segura, filtro de sql injection, implementações com sintaxes de sql em diferentes bancos de dados... Claro que pra quem está iniciando é importante aprender tanto o PDO, quando SQL raiz, mas pra quem já está calejado, um pouquinho de facilidade vai bem. Trabalho com SQL o dia todo, em outras aplicações desktop que não utilizam ORM, então, o risco de esquecer a linguagem é pouquíssimo.