Geralmente o pessoal abre de qualquer jeito, como MEI so para usar integração bancária, mas uma softhouse costuma abrir no anexo 5 e usa o fator R pra cair pro anexo 3 (apesar de que acho que isso acabou com o atual governo, eu acho).

Para quem nao sabe, a atividade de desenvolvimento de sistemas como PJ é obrigado enquadramento do anexo 5 do Simoles Nacional (não é aceito MEI), significa que o governo ficará com no mínimo 15% do seu faturamento (nao é do lucro, é do faturamento), mas caso a empresa possua funcionários equivalentes ao faturamento (Fator R, busquem o cálculo), poderá tributar pelo anexo 3 que paga 6% em vez de 15%.

Básicamente eu gastei um total de 3k em belo horizonte Mg, a contabilidade por mês ficou em 240,00. Optei por eles resolverem tudo e não ter trabalho com nada.
Sobre aliquota de imposto, pode conversar com um contador que consegue cair em anexos diferentes caso voce faça uma projeto do incio ao fim. Ja trabalhando para fora cai no fator R, meu amigo que me falou.