Django usa arquitetura modular.

Não é uma arquitetura ruim, é a mesma utilizada em diversos frameworks.

Agora se você quer aplicar outra arquitetura não vejo problema.
no fim é só importar os arquivos nos locais que ele provê. Arquitetura limpa e hexagonal está mais relacionado com fluxo de informação do que com organização de pastas. Claro organizar as pastas e arquivos ajuda a manter uma certa consistência.

Infelizmente não tenho nenhum exemplo pra te mostrar.

Quando você fala de escalabilidade o que vem na minha cabeça é infra. Você aumenta a potência da máquina, duplica quantidade de máquinas ou separa em serviços.

Antes de escalar obviamente é preciso de identificar os gargalos, algumas perguntas podem ajudar... Quais rotas estão com lentidão? Quais rotas são mais acessadas? Qual o custo de oportunidade pra melhoria disso?

Com relação a arquitetura do sistema o que pode atrapalhar desenvolvimento de novas features são as interações entre módulos, arquivos com muita informação ou mal organizados.

No que tange esses problemas algumas alternativas tais como criação de sub módulos ou arquivos para tarefas específicas podem ajudar.

No fim quando se tem um sistema robusto/grande o que manda é a consistência entre as informações e suas respectivas localizações.
Quanto mais divergir a equipe nesse ponto pior e mais difícil será manter o sistema.