Posso estar enganado mas isso pra mim tem cara de fim da vida útil do SSD.
Resumidamente, o node_modules é uma das pastas com maior escrita no disco. Sempre que você atualiza algo ou instala alguma lib existe um extenso trabalho de leitura/escrita.
SSD tem um limite de escrita, também conhecido como desgaste químico, algo semelhante com o que acontece com as baterias, não confundir com problema de escrita em memórias ROM, ou pen drives, pode ser parecido mas não é igual.
Diferentemente dos HDs(disco) que podem riscar, ocorrer perda de dados via (vibração, magnetismo, desligamento repentino, etc) SSDs não são mecânicos então não há problemas relacionados a problemas mecânicos.
Algo parecido pode acontecer com SSD Nvme (não me recordo a específicação correta) mas são muito mais rápidos porém mais caros e variáções de tensão e corrente afetam muito o desempenho/processo de armazenamento /escrita (meu note se tiver na bateria dá tela azul na primeir leitura/escrita)

Se quiser entender um pouco mais recomendo esse vídeo aqui..
Tudo que Você Queria Saber Sobre Dispositivos de Armazenamento - Fábio Akita