Agora como recomendação usar uma política de backup para esses arquivos, o ideal também é o usuário com qual é realizado o deploy nem ter permissão para mexer nesses arquivos que não deveriam ter sido apagados
Respondendo a "Consegui meu amigo, a opção exclude funcionou...." dentro da publicação [Dúvida] Github apagando arquivos que estão no site durante deploy
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