Se você usar a ferramneta YunoHost ao inves da cPanel em sua VPS você tem um painel de controle que pode ser instalado em qualquer VPS ou Cloud mais tem um porem sua VPS tem que ter o sistema operacional Debian.
E com essa ferramenta YunoHost você tambem consegue fazer a geração do SSL do Let's Encrypt apenas com 1 clique e para varios dominios e subdominios que tu pode ter no seu servidor.
Eu posso fazer uma postagem mostrando como faz isso no meu perfil se vocês quiserem saber como pode ser feito a geração de SSL com o YunoHost.
Ah eu gosto e costumo usar muito a Cloud da Linode para fazer meus servidores com a YunoHost.