Oi Guilherme!

Sou desenvolvedor há mais de 10 anos, não tive muitos clientes freelancers, mas tenho amigos que têm.

Para integração com palavras que pagam mediante uso, sempre ajudamos os clientes a fazer cadastro, colocar seu próprio cartão de crédito e fazemos previsão de quanto ele será cobrado, explicando a variável do custo.

Já paga domínio e hospedagem, o que vejo são dois casos distintos, dependendo da quantidade de clientes que você tem ou almeja ter.

1- Caso você planeje ter muitos clientes e queira manter uma renda mensal
Sugiro ter uma hospedagem legal e cobrar um valor mensal do seu cliente, para que você mesmo mantenha a hospedagem e domínios funcionando, além da manutenção do site, dando a garantia ao seu cliente do site se manter online e com as atualizações mínimas de segurança.

Nesse caso, você soma os valores do domínio e hospedagem anual, divide por 12 e soma um valor a mais para que você dê manutenção.

Faça um contrato de 12 meses dizendo o que está incluso, que ambos podem cancelar mediante aviso de 30 dias, e que caso cliente passe X dias sem pagar a mensalidade, o site sairá do ar, assim como perderá a base de dados da hospedagem e domínio não será renovado.

2- Caso não queira ter um compromisso posterior à entrega do site
Caso também não queira manter cliente ou não pense em ter vários clientes, pois o modelo anterior só vai lhe gerar um lucro legal com vários clientes.

Então seria melhor instruir para que cliente cadastre-se no registro.br e em algum provedor de hospedagem (hostgator, hostinger, etc.) e o deixe ciente dos custos.

Espero ter ajudado.