Bom dia,

A solução de ETL é provavelmente a que faz mais sentido. Pelo que percebi o sistema está em Oracle e existem ferramentas no mercado para ajudar nessa tarefa.
Da própria Oracle existe o "Oracle Data Integrator" ODI que permite graficamente ir construindo as tarefas de ETL, que podem ser tão complexas quanto for necessário. A ferramenta tem opções de orquestração, de gestão de fluxo desses dados e de automatição de tarefas. Ponto contra, é pago e sendo Oracle nunca é uma solução barata...
Em alternativa, existe o pentaho community edition que é muito parecido em termos de utilização com o ODI. Não tenho grande experiencia com pentaho, mas é bastante conceituado no mercado e tem a vantagem de ser gratuito na vertente community edition.

Criar uma solução de raiz, e ainda por cima o mais genérica possivel é complicado e complexo, como alguém referiu mais abaixo. Usar uma destas ferramentas ou outras equivalentes é a melhor opção.