Eu tambem fiz o curso de Sistemas de Informação e quando eu entrei eu sabia bem o básico da programação. Acho que a grade depende da instituição, mas no meu caso ele começou bem na base, ensinando os algoritmos no papel e depois indo para C. Então relaxa, pode entrar sem saber programar, a ideia é justamente você aprender ^^
Um dica é ir indo praticando em casa ao mesmo tempo e ir procurando cursos e treinamentos no youtube da vida mesmo.