Tudo que o Java faz, C# faz melhor, mais rápido e mais bonito. Isso é consenso até entre quem nunca programou nessas duas linguagens como eu.
Em resposta a [DUVIDA] Mercado para back-end
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Sim, mas fico meio balançado por ver bastante gente falando que pra uma primeira vaga, java tem mais mercado, porem desde o inicio da faculdade ja codo em C# ai fico me duvida em qual "focar" para uma primeira oportunidade.