Realmente, no seu caso SQLite é uma boa solução.

Você consegue utilizar SQLite atráves de nodeJS. A maioria dos frameworks para node vão te oferecer formas de configurar um banco de dados usando SQLite, um exemplo que eu conheço é um NestJS. Caso não queira utilizar um framework, existe bibliotecas em nodeJS que irão te ajudar nessa tarefa, como a ORM sequelize.