Muito legal o projeto. Parabéns!
A abordagem de se definir os pesos da rede neural utilizando um método de otimização, como AGs, é muito útil quando não se tem um target óbvio para o treinamento tradicional.
Em relação ao modelo com IA, talvez seja possível melhorá-lo trabalhando mais na engenharia de features. As utilizadas possivelmente não são o bastante para o modelo generalizar um padrão vencedor.
Concordo que as entradas atuais limitam o aprendizado da rede, ela só consegue seguir em direção a comida, sem levar em conta a disposição do seu corpo no tabuleiro.
Acho que daria pra substituir as 4 entradas atuais por apenas uma: o ângulo em radianos formado entre a cabeça da cobra e a comida.
Também daria pra dividir o tabuleiro em 4 quadrantes e passar pra rede a porcentagem de células vazias em cada quadrante, fazendo ela aprender uma estratégia para levar em conta a disposição do seu corpo no tabuleiro.
Obrigado pelo comentário!