Às vezes o Prettier não formata algo como eu gostaria, principalmente em uns casos específicos com TypeScript. Eu me importava mais com isso no começo, depois apenas me acostumei e aceitei. No geral, o Prettier me traz muito mais benefícios do que correções ruins.

Ele realmente tem pouca customização, tanto que a minha configuração é apenas isso:

module.exports = {
  arrowParens: 'avoid',
  bracketSameLine: false,
  endOfLine: 'auto',
  singleQuote: true,
  trailingComma: 'all',
};