Você não perderá nada por guardar, talvez um pouco de tempo para manter organizado, mas poderá ter essas lembranças quando, daqui um tempo, a tecnologia ter mudado tanto e suas habilidades também. É legal ver coisas feitas antigamente. Recentemente surgiu um tópico sobre emuladores de Clipper, por exemplo.

Você pode deixar o repositório privado, se for apenas para você mesmo, e organizar como achar que faz sentido. Provavelmente manter tudo num único repositório facilitará a busca e a manutenção. O esquema de pastas, você decide. Dica: deixe um README resumido sobre cada exercício, porque daqui a cinco anos você não vai lembrar quase nada do contexto. Até prints do projeto em execução podem ser úteis.

Eu mesmo fiz alguns projetos bem legais no curso técnico, como um sistema em Delphi que permitia criar legendas para um áudio e depois reproduzir com a legenda sincronizada. Tenho esses projetos distribuídos em pastas diferentes nos meus HDs de backup, se tivesse guardado tudo desde o início no Git seria algo bem mais organizado, e com menos risco de perder.

O que eu tenho armazenado nos meus HDs que é referente ao curso técnico está separado por ano e disciplina. O que é da faculdade, por semestre e disciplina. O que é de "cursos eventuais" (como cursos online, por exemplo), numa pasta específica do curso. É bom para alguns casos, ruim para outros. Uma boa busca permite encontrar o que deseja a partir de diferentes fluxos, por exemplo:

• Encontrar sabendo o curso e disciplina.
• Encontrar sabendo sobre o que era o projeto.
• Encontrar pela data.

Resumindo, é uma escolha individual e dificilmente você conseguirá criar a organização perfeita, mas acho que vale a pena manter os exercícios num repositório para se lembrar do que fez depois.