Se você tivesse uma conta no Authy, só teria vazado o seu número de telefone (de "dados pessoais/sensíveis"):

Twilio has detected that threat actors were able to identify data associated with Authy accounts, including phone numbers, due to an unauthenticated endpoint. We have taken action to secure this endpoint and no longer allow unauthenticated requests.

We have seen no evidence that the threat actors breached Twilio’s systems or that they obtained access to Twilio's systems or other sensitive internal data.

Então você tinha o TOTP concentrado num único lugar (seu computador), não tinha backup para poder gerar o TOTP por outro lugar, e também não tinha nenhum dos 16 códigos de recuperação disponibilizados pelo GitHub.

Além disso, você só tinha os repositórios importantes no GitHub?

Considerando as informações acima, acredito que ao decidir usar seu próprio servidor, perder tudo o que tem nele é questão de tempo.

É bom aprender com os erros, e acho que a conclusão "Não use o GitHub" (ou "não consigo mais confiar no GitHub") não é aprender com os erros.