Opa Lemuel, essa não é minha área principal, tenho mais experiência com a comunicação entre cartão e terminal em si, por exemplo, qual o processo até que o terminal consiga as informações do cartão, como número e data de validade, como funcionam os processos de validação de PIN, quais são as principais funcionalidades anti clonagem que existem, etc, mas vou tentar te dar alguns insights sobre o que você me perguntou.

1. Complexidade técnica, muitas adquirentes, principalmente fora do país, não possuem APIs REST simples para integração, inclusive muitas usam um padrão antigo chamado ISO 8583, que é horrível de se integrar. Além de não ter camada quase nenhuma de abstração, sendo necessário que você tenha bastante conhecimento na área para saber o que são os campos e quando usar cada um.
2. Gestão de fraude, as principais sub-adquirentes/Payfacs, auxiliam seus usuários com gestão de fraude de uma maneira mais dedicada do que as adquirentes fariam.
3. Algumas sub-adquirentes/Payfacs podem oferecer serviços de failover, que é caso tenha um problema com a adquirente principal, podem enviar as transações para outra adquirente que esteja on-line, além de em alguns casos ter uma lógica interna de enviar a transação para a adquirente que irá cobrar mais barato para determinado tipo de transação (diferentes bandeiras e tipos de cartão possuem taxas diferentes para o processamento, por exemplo, processar uma transação de um cartão black custa mais caro para a adquirente do que um cartão gold)

É basicamente a mesma coisa que decidir entre usar C++ ou python, se fizer em C++ (adquirente) pode ser mais eficiente, mas usando python (sub-adquirente) você tem várias facilidades que simplificam sua vida