O cartão que armazena em um lugar comum entre o CHIP e o NFC, então é compartilhado independente de qual método você utilize, o contador vai de 0000 até FFFF. E basicamente ele é atualizado sempre que os dados do cartão são lidos.
Respondendo a "Como funciona esse contador de transações? O ch..." dentro da publicação Trabalhei por 5 anos programando cartões de crédito - Tire suas dúvidas
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