Acho que esse cenário, parece muito com a situação que se encontra um dos meu projetos atuais, por pressão o começo do projeto foi uma bagunça, agora estamos conseguindo impor um ritmo melhor no desenvolvimento e vamos ter q refatorar varias coisas.

O pensamento que tive foi, 'antes tarde do que nunca', pois quanto antes começar a refatorar e simplificar o código, mais rápido o cenário ideal chega!

É uma dor, refazer boa parte do sistema, mas são as dores do crescimento do sistema.