Uma pergunta: mesmo que um bit do arquivo mude, o hash dele mudará também? Se sim, o criador do malware pode inserir arbitrariamente bytes vazios (se isso for possível sem danificar a operação do seu malware) no seu arquivo para que ele não se pareça com um malware da base de dados do antivírus?
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Sim, o hash mudará caso qualquer dado seja alterado. Porém, os antivírus modernos realizam uma análise comportamental nos arquivos e programas que estão no computador, podendo detectar se é um malware ou não a partir dessa técnica. Além disso, os banco de dados são sempre atualizados para tentar minimizar essa tática.