Em uma empresa que já trabalhei, usavamos o Asaas. A documentação no começo é meio confusa (pelo menos achei), mas depois que você entende, fica bem legal.
Uma dúvida: você tem um CNPJ para criar uma conta nesses gateways de pagamento? Pergunto porque estou interessado em receber pagamentos em um projeto que estou trabalhando, mas não sei ao certo se preciso de um CNPJ para isso.