O método Where você coloca uma condicional na sua query, nesse caso os registros devem ter o project_id igual ao valor da variável $id.

where('project_id', '=', $id)

O método find() ele busca de acordo com seu index informado na migration, no caso quando você faz Comment::find($id) você está buscando um registro onde o seu id seja igual ao valor da variável $id.

Em resumo é isso.