O cálculo por hora que você está fazendo é a forma mais simples mesmo, funciona para boa parte dos casos. Que é aquela velha fórmula: (salário que você deseja / horas que quer trabalhar por mês) * quantidade de horas previstas no projeto.
É claro que deve somar nesse valor seus gastos básicos como internet, depreciação dos dispositivos, impostos e também considerar nas horas do projeto uns 25% a mais para imprevistos pelo menos.
Lembre-se que é papel do contrante tentar baixar o preço, então também adicione uma margem de uns 30% de negociação.
Mas, isso funciona para projetos mais simples que são a maior parte dos freelancers que o pessoal normalmente faz.
Para projetos mais complexos requer também mais envolvimento com o cliente, e talvez nem seja mais considerado um freelance. Vamos supor a criação de um CRM bastante especializado para as atividades do cliente contratante, essa ferramenta será parte central das operações de venda dele e isso eleva o risco da aplicação.
Cobrar apenas pela fórmula básica pode sair barato demais, mas para precificar melhor vai exigir que você tenha mais dados (por isso falei de maior envolvimento), se o cliente hoje realiza 100 pedidos por dia com ticket médio de R$ 500,00, e a expectativa é aumentar para R$ 200 pedidos e elevar o ticket médio para R$ 700,00, a gente tá falando de sair de R$ 50.000,00 em média/dia para R$ 140.000,00, significa um aumento muito expressivo de faturamento e é aí que você pode começar a imaginar que pode cobrar mais.
Mas cobrar quanto? Isso ainda pode variar demais, mas nessas situações onde o projeto pretende aumentar a receita ou diminuir os custos eu costumo cobrar pelo menos a (expectativa de aumento de ganho) * 3. Mas isso é um cálculo inicial, varia com a situação e não acho que dê para criar uma calculadora simples para se chegar nesse resultado, são tantas variações que é mais fácil colocar no Excel.
Pode ser que o que eu comentei acima, ainda sim seja difícil de calcular por você estar iniciando ou não ter os dados suficientes. Com falta de experiência, a melhor forma é perguntar aos colegas de confiança quanto eles cobrariam pelo serviço, mas dê o máximo de contexto para eles poderem calcular.