Concordo com o ArthurAlves2 ao dizer que só vem com o tempo. Mas isso não significa que não há nada que possa fazer para acelerar seu aprendizado.
Uma dica é fazer alguns joguinhos que colocam sua lógica à prova. Sugiro o jogo-da-velha e forca. Tem mais um joguinho que é pouco popular no Brasil, chamado Connect Four. Esse apresenta um desafio de lógica bem legal, sem falar no desafio de desenhar o espaço sem um front-end.
Outra opção é resolver os desafios do Project Euler. O número de problemas é enorme e para resolver alguns vc vai precisar fritar o cérebro.