Não, eu faria backend.env e frontend.env, mas isso se deve a minha organização pessoal

PS: não tenho nenhum projeto que tem mais de um servidor na mesma pasta assim, geralmente 1 server = 1 pasta totalmente independente

Mas você pode continuar na sua organização, apenas falei como faço, não que a minha é a forma correta.

E a estrutura dos Dockerfiles e do docker-compose estão corretas?

Se você encontrar todos os arquivos e estiver claro onde tudo está qualquer organização está correta.

Não existe um padrão para onde ficam os arquivos dentro de um projeto (em relação ao docker) e eu geralmente uso assim:

/app/
   - aplicação/
      - docker-compose.yml [link simbolico para /app/[aplicação]/project/docker/[ambiente]/docker-compose.yml]
      - .env
      - project/
         - [all project files]
         - docker/
            - production/
               - docker-compose.yml
               - Dockerfile
            - homologation/
               - docker-compose.yml
               - Dockerfile
            - development/
               - docker-compose.yml
               - Dockerfile

Lembrando que essa é minha organização pessoal

Você pode seguir assim, pode criar a sua própria, não existe certo e errado desde que fique facil configurar e funcione