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se o intuito do IPFS é ter um sistema de arquivos distribuído, centralizar seu armazenamento e distribuição utilizando a Pinata não vai meio na contra mão?

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Não. Pinata é apenas um gateway. Seria a mesma coisa que dizer que um mirror de uma distro Linux é contra o movimento de software livre porquê está centralizado a distribuição de sistemas operacionais Linux na mão de grandes empresas e softwares.

O que importa é o checksum ou o hash de forma que não importa o provedor que você use o arquivo sempre será o mesmo provado matematicamente.