de quantas tabelas e milhoes de linhas estamos falando? normalmente é um processo de alguns segundos
Respondendo a "Cheguei a tentar isso amigo, posso ter feito al..." dentro da publicação Como fazer um versionamento do banco de dados?
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Então, não tenho essa informação de cabeça. Mas o problema estava na implementação, no final das contas. Usei o Liquibase que o rnpr4541 indicou e resolveu o meu problema bem :)
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não conhecia esse Liquibase não, vou estudar! obrigado pela reposta!