de mais detalhes por favor...como está fazendo essa implementação exatamente? tem código para mostrar?

Basicamente cada tenant envia um id único como parametro pra um endpoint: {sessao}/iniciar-sessao.

Ao cair nessa rota, o controller da um create com base na sessão do parametro e armazena os dados na pasta tokens, salvando o status na database.

Minha dúvida seria: Depois de autenticado via qrcode, preciso sempre dar um create novamente pra sincronizar a sessão?

da experiencia que tenho não, a sessão fica pendurada e rodando no wppconnect

basta integrarir com a sessão usando o token

Sim, a sessão fica armazenada no request (basicamente ele mantem um array de clients: Whatsapp), porém, ao perder essa referência teria de executar o create novamente acredito eu