Ahhh sim...
Achei que era algum projeto com build e etc.
Não entendi que o foco era a parte de CI/CD...
Nesse caso você poderia colocar algum processo de renomear o arquivo JS pra algum valor único na hora de subir pra CDN... Talvez colocando no nome a data que foi feito enviado o arquivo JS pra CDN...
Respondendo a "Neste caso então, a minha estrutura de arquivos..." dentro da publicação CDN para javascript simples
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