Opa Pedro, ja fui como voce, tenho 16 anos atualmente e estudo programaçao desde os 13, web apenas duas semanas antes de completar 15, meu foco principal é algo mais fundamental como sistemas operacionais e compiladores por exemplo, mas a cerca de 1 ano e meio eu estava no seu lugar.
Sobre as duvidas, tentar entender cada funçao é fundamental Express Doc Api:
eu gastei cerca de 15 minutos escrevendo respostas detalhadas sobre parte de suas duvidas especificas e acabou ficando bem confuso,em partes por eu estar as 5:00AM escrevendo isso sem ter dormido ainda, então vou deixar essa simples dica, entenda como as coisas funcionam, essa é a primeira vez que abri a documentação do express e achei ela muito bem feita, acredito que ate mesmo um iniciante de express conseguiria entender pelo menos as funções que ja usou.
E se não entender, tudo bem, é assim que se aprende, tentando.