Uma possibilidade seria criar uma tabela no banco de dados central que armazena informações da base de dados dos clientes. Com isso, você precisaria simplesmente fazer uma SELECT nessa tabela, recuperar as informações necessárias para montar a ConnectionString, conectar nas bases e fazer o que tem de ser feito.
Apesar deu nunca ter feito filas e nem cron jobs nesse cenário de multi tenancy, trabalhei em uma empresa que seguiu essa abordagem e seria assim que eu resolveria essa questão.