Minha opinião
Minha visão sobre isso é que o problema não é usar o Flutter Flow, o problema é só usar ele, ou depender totalmente dele.
Exemplos
Um dos exemplos que gosto de usar, e que ocorreu recentemente, foi o da Unity que no ultimo mês começou a cobrar por cada cópia vendida de jogos feitos na engine, oque fez com que muitos jogos, de muitas empresas se tornaram não rentáveis por conta dessa taxa.
Meu conselho
Se possível, é super válido utilizar ferramentas que facilitam seu trabalho, MAS saiba executar a mesma tarefa sem utilizar essa ferramenta.