Depende do projeto que esta tentando executar. Ja tive problemas para rodar um projeto da empresa no Linux Mint, onde no Windows rodava sem problemas. De forma geral roda muito bem, mas as vezes são pequenos detalhes que vai ter que procurar em fóruns, issues do github e stackoverflow problemas que até então podem existir somente no Linux. Ainda que ele seja multiplataforma, ainda é a Microsoft por trás, que é dona do Windowszm, então espere mais "facilidade" usando o mesmo.

Sobre IDE, atualmente utilizo o Rider da JetBrains, mesmo usando Windows como SO. A IDE é fantástica e superior ao Visual Studio em vários pontos na minha opinião, espere encontrar praticamente a mesma experiência de uso em qualquer sistema.

Eu diria que tem que tomar um pouco de cuidado na hora que for instalar o sdk, no Windows me parece bem mais fácil, já que é só instalar o executável e dar next, next. No Linux como há várias distros disponiveis, cada uma vai exigir passos diferentes e a instalação é 100% via terminzl(o que não deveria ser problema para um dev). Para cada distro tem um repositório diferente de onde os arquivos de instalação estão hospedados, então os passos podem variar de Ubuntu para Fedora, Arch et