Na verdade parte da má fama vem do início com desenvolvedores que encontraram uma forma rápida de entregar soluções web, quando desktop era o principal ambiente de entrega de sistemas, e estes desenvolvedores escreviam código de baixa qualidade e difícil manutenção.
Concordo que as versões até 5 era muito precárias também, mas a linguagem evoluiu, principalmente a partir da versão 7, e a comunidade amadureceu entregando soluções de muita qualidade de código.
Mas retirar o estigma de linguagem de baixa qualidade ainda deve levar algum tempo.
O que não entendo mesmo é o alto volume de desenvolvedores JS que entregam baixíssima qualidade de código, bem como de outras linguagens, detonarem PHP usando apenas a retórica histórica sem procurarem conhecer ou utilizar a mesma.
De qualquer forma, concordo mais ainda com sua primeira afirmação: toda linguagem/framework/tecnologia possui seus defeitos. Cabe ao utilizados entender se os benefícios para o seu contexto superam os defeitos.
Pra complementar eu comecei um artigo justamente tratando este contexto, mas nunca finalizei, acho que é um bom momento: https://mazer.dev/pt-br/php/artigos/razoes-escolher-usar-php-como-linguagem-de-programacao/