Neste caso você precisa adicionar a etapa que atualiza o/os submódulo(os) do seu projeto antes de realizar as outras etapas da sua integração.

Execute na raiz do projeto

git submodule update --init --recursive

update --init: atualiza e inicia o submódulo
--recursive: busca e faz o mesmo para submódulos que estão dentro dos submódulos (aninhados)

obs: se você acessar a pasta do submódulo e executar este comando, ele irá atualizar submódulos dentro dele e seus submódulos aninhados.