Claro que sim. Principalmente por quem fez o sistema há muito tempo. Certamente alguns começam projetos novos.
Várias tecnologias não recebem muitas atualizações. Elas precisam de correção de bugs, mas quando algo chega em certa maturidade ela não precisa evoluir muito. Quem gosta de hype, não vai gostar de tecnologia assim. Mas estabilidade é feature. Por isso muita gente gosta de C.
Mas sabemos que o mercado não gosta muito dessa feature. As pessoas querem novidades o tempo todo, mesmo que em geral ajude pouco. E esse talvez até seja um motivo para irem para web. Inclusive porque precisa evoluir muito ainda porque tem vários defeitos para serem corrigidos. E muitos novos recursos geram novos defeitos. Nem estou falando de bugs.
Claro que menos pessoas usando também gera menos interesse em evoluir.
Todas as tecnologias base para desktop estão em momentos de maior estagnação. Algumas que ainda tem alguma atividade é mais para corrigir rumos. Praticamente vira outro produto.
Definitivamente fazer para desktop não é mais sexy. Não quer dizer que seja uma decisão certa, mas é um fato. Também é fato que em grande parte dos casos é o que dá melhor experiência para o usuário.
Tecnologias desktop em Java sempre foram um pouco complicadas. Java sempre adotou uma filosofia de pato (ou seja, faz um monte de coisa, e nada muito bem). Tecnologias desktop que rodam em todo lugar nunca foram nota 10. Por isso muita gente foi para web. Que também não é nota 10. Mas caiu nas graças do povo. Muitas das tecnologias de desktop só recebem atualizações de terceiros.
Não é tão diferente de web, que ela em si já está recebendo bem menos atualizações. Produtos de terceiros que ainda recebem muitas atualizações, tipo, Bootstrap, React, Laravel, etc.
Se o seu objetivo é cada dia ter que aprender algo novo para usar com a tecnologia, me parece que JavaFX não é uma ideia das melhores. Se quer algo estável, ele pode ser uma boa. Se quer uma tecnologia para desktop melhor, acho que tem, provavelmente não com Java. JavaFX nunca teve uma grande adesão. Desktop em Java também não.
Não entrei no mérito direto dele ser bom ou não.
Faz sentido para você?
Espero ter ajudado.
Farei algo que muitos pedem para aprender a programar corretamente, gratuitamente. Para saber quando, me segue nas suas plataformas preferidas. Quase não as uso, não terá infindas notificações (links aqui).