Na verdade quando a feature foi criada, a recomendação geral oficial era não colocar no System ou algo semelhante. Colocar global tende a ser pior ainda. Claro que para tudo tem exceção, mas para usar a exceção precisa dominar muito bem todas as consequências de usar isto, o que em projetos grandes pode ser um problema.

Em JS é bem tranquilo porque é uma linguagem criada para pequenos scripts. As pessoas usam para projetos maiores por escolherem a ferramenta errada porque está todo mundo usando, que é o que chamamos de "modinha".