Estude os padrões e outras coisas da computação. quando tiver um problema que ele se encaixa você o usa. Precisa de experiência para tomar uma boa decisão, não é receita de bolo. Quase 100% das pessoas que pergutam sobre o uso de padrões de projeto, querem fazer isso porque ouviram falar que é bom, e não é assim que funciona, o desastre virá.

Na minha visão tanto Python quanto PHP são inadequadas, embora dê para fazer, porque será web e folha não deveria ser.

De qualquer forma eu já trabalahei em empresa especializada nisso, também onde folha era um dos produtos e em empresas que usavam folha, além de conhecer muitos casos que não trabalhei. Nunca vi uma só empresa que fez sua própria folha de pagto, é um dos softwwares mais difíceies de manter e que menos é importante para uma empresa ter algo próprio. O que vão gastar nos primeiros meses para fazer isso será mais do que pagarão de mensalidae de algo pronto na vida inteira da empresa, e sempre terá um software bem pior do que já existe no mercado.

Ou seja, parece que todos os erros possíveis serão feitos nesse projeto. Eu repensaria muita coisa. Eu até falaria para contratar uma consultoria, mas agora evito porque quase semrpe até isso sairá errado. Lamento. E eu sei que provavelmente este conselho não srá seguido.

Ajudei? Era o meu desejo.

Farei algo que muitos pedem para aprender a programar corretamente, gratuitamente (não vendo nada, é retribuição na minha aposentadoria) (links aqui).