A boa prática para isso que eu conheço é, realmente, fazer a variável NODE_ENV como você falou, mas não precisa fazer todo um back só para testes. Basta, no seu back normal, criar rotas de teste para as requisições, e aí, com um if/else, você determina se a request vai para a rota de teste ou de produção.
Exemplo:
if (process.env.NODE_ENV === 'prodution') {
server.post(lalala de produção...)
} else {
server.post(lalala de teste...)
}
Aí, na rota de teste, tu consegue fazer com que o BD sempre se limpe sempre que a request chegar. Foi o que eu aprendi, pelo menos